HİPEK karmaşık ve invazif bir prosedür olduğundan, ameliyat sonrası komplikasyonlar sıklıkla ortaya çıkmaktadır. Nispeten sık görülen komplikasyonlar arasında akciğerlerin veya idrar kesesinin enfeksiyonu, yara problemleri ve birkaç gün hatta haftalarca yemek yiyip içememek sayılabilir. Daha az sık ancak daha ciddi bir komplikasyon abdominal enfeksiyonlarla sonuçlanan bağırsak içeriğinin karın içine sızmasıdır. Sızıntıyı kontrol etmek için bu hastalarda ikinci bir prosedür gerekebilir.

Bazı hastalar HİPEK sırasında kullanılan kemoterapinin yan etkilerini yaşarlar, ancak bunlar çoğunlukla hafif ve sınırlayıcıdır. HİPEK kemoterapisinin bir sonucu olarak kayda değer saç dökülmesi çok nadirdir. Neyse ki, komplikasyonlarla karşılaşan hasta sayısı son birkaç on yılda giderek azalmaktadır. Çoğu hasta iki ila dört hafta boyunca hastanede kalır, ancak komplikasyonlar ortaya çıkarsa daha uzun kalırlar. Hastanede yatış sırasında, idrar kesesi, mide veya karın boşluğu içindeki kateterler gibi ameliyat sırasında takılan kateterler çıkarılır.

Operasyonun karmaşıklığına rağmen, HİPEK prosedürünün şimdi çok güvenli olduğu düşünülmektedir. Deneyimli HİPEK merkezlerinde tedaviden sonra oluşan komplikasyonlar sonucu ölüm olasılığı % 3’ten azdır. Bu oranlar, diğer yüksek riskli cerrahi prosedürlerle karşılaştırıldığında olumludur.

Birkaç çalışmada, HİPEK işleminden sonra hastaların yaşadığı yaşam kalitesi araştırılmıştır. Bu çalışmalar, yaşam kalitesinin ameliyat sonrası yakın dönemde düştüğünü ve işlemin etkisi göz önüne alındığında bunun beklenildiğini göstermektedir. Bununla birlikte, tedaviden üç ay sonra, yaşam kalitesi çoğu hastada bazal seviyelere geri getirilir ve altı ay sonra ameliyat öncesi yaşam kalitesinden bile iyi duruma gelebilir. Bu sonuçlara dayanarak, araştırmacılar yaşam kalitesinin genel olarak HİPEK‘ten sonra korunduğu ve durumu mühim hastalarda bile iyileştirilebileceği sonucuna varmışlardır.